Na terenie gminy Prochowice zlokalizowane są 2 użytki ekologiczne o łącznej powierzchni 160,94 ha, co stanowi 1,57 % powierzchni całej gminy. Są to:

„Korytarz Ekologiczny Mierzowice”;

„Torfowisko Szczytniki”.

„Korytarz Ekologiczny Mierzowice”:

Użytek Ekologiczny „Korytarz Ekologiczny Mierzowice” utworzony został Rozporządzeniem Wojewody Legnickiego z dnia 31 maja 1996 roku. Użytek ekologiczny obejmuje powierzchnie 155,25 ha i zlokalizowany jest pomiędzy miejscowościami Mierzowice i Gromadzyń. Składa się on z pięciu obszarów, obejmujących tereny leśne i łąki, rozdzielonych fragmentami prywatnych łąk, drogą i nieczynną linią kolejową. Występuje tutaj 15 gatunków roślin chronionych, miedzy innymi: bluszcz pospolity, jarząb brekinia, dąb bezszypułkowy, brzoza brodawkowata, grab, klon, jawor. Na użytek składa się 134,93 ha lasów, 12,90 ha łąk, 2,36 ha wód stojących i rowów oraz 5,06 ha terenów innych (np.: drogi, kolej, itp.).

„Torfowisko Szczytniki”:

Użytek Ekologiczny „Torfowisko Szczytniki” utworzony został Rozporządzeniem Wojewody Legnickiego z dnia 31 maja 1996 roku. Użytek ekologiczny obejmuje powierzchnie 6,73 ha (z czego 5,69 ha na terenie gminy Prochowice) i zlokalizowany jest około 1,5 km na południowy – wschód od wsi Szczytniki na pograniczu gmin: Kunice i Prochowice. Obszar objęty ochroną stanowi torfowisko bogate w zbiorowisko roślinności bagiennej i torfowisk przejściowych z rzadkimi w kraju gatunkami roślin. Jest on także ważnym miejscem rozrodu niektórych gatunków płazów, egzystencji zaskrońca zwyczajnego, łęgowiskiem perkozów dwuczubych i miejscem żerowania bociana czarnego.